1935-1938 годы. Уэсиба преследуется правительством за связи с организацией Омото-кё (Уэсиба возглавлял ассоциацию Дай-Нихон Бу-до Сэн-ё Кай, основанную в 1932 году для поощрения изучения боевым искусствам среди членов Омото-кё). Было арестовано более 500 членов организации. Но глава организации Омото-кё Ванисабуро Дэгути убедил власти в том, что Уэсиба не был членом внутреннего ядра организации, и после напряжённого периода неопределённости Уэсиба вновь смог вернуться к публичному преподаванию.
1938 год. Уэсиба издал вторую книгу - "Бу-до".
1940 год. Кобукан был реорганизован в Общество Кобукай. В этом же году был организован Комитет содействия Бу-до. Председателем Комитета стал министр социального обеспечения, а Уэсиба был назначен его членом.
1941 год. Война принесла Уэсибе огромное напряжение. Он выражал недовольство жестокостью и невежеством многих представителей вооружённых сил, а позже признавался своим ученикам, что испытывал отвращение в необходимости преподавания в Академиях шпионажа и военной полиции. Насилие и разрушения войны представляли собой полную противоположность задаче и цели истинного бу-до: воспитания и содействия жизни.
1942 год. Когда война стала набирать силу, Уэсиба был сильно обеспокоен несоответствием между его представлениями о мировом сотрудничестве и действительным положением вещей. Вместе со своей женой Хацу он отправился в городок Ивама в префектуре Ибараки и ещё раз занялся расчисткой земли для её возделывания. Здесь он построил до-дзё на открытом воздухе и Храм Айки (Айки Дзинзя), духовный центр всего движения, где почитаются синтоистские боги, к которым Уэсиба относился как к защитникам Айки-до, и который должен был служить духовным убежищем (более подробно смотри Приложение). В то время он сказал: “Среди военных появляется всё больше и больше людей, безответственных и неразборчивых в применении своей силы. Они забывают о том,  как важно помогать людям, облегчать их страдания. Скопище глупцов, они приходят с напыщенным видом, демонстрируя свою жестокость, свою ограниченность и бессмысленное уничтожение жизни. Какой идиотизм идти против природы, против Воли Ками!”
Уэсиба говорил: “Путь бу-до заключается в том, чтобы влить новую жизнь в изначальную универсальную жизненную силу, которая даёт рождение всему. Для истинного бу-до важны гармония, любовь и обходительность, но тех, кто сегодня стоит у власти, интересует только игра с оружием. Они искажают бу-до, представляя его как орудие борьбы за власть, жестокости и разрушения, и для этой цели они хотят использовать меня. Я устал от их глупости. Я не собираюсь позволять им превратить меня в своё орудие. Я не вижу другого пути, как уйти от мира”.
Уэсиба строго придерживался своих убеждений и учил всех, кто хотел слушать: “Путь бу-до - в поиске союза бу-до с занятием сельским хозяйством. Важно действительно осуществить на практике создание жизненной силы с помощью Такэмусю Айки” (“Осознанное Айки”).
Во время и после Второй мировой войны Уэсиба посвятил всего себя сельскому хозяйству и поискам совершенства в соответствии с идеалами Такэмусю Айки. В его сердце постоянно жила вера, что путь бу-до - это путь сострадания, что задача истинного самурая - обеспечить мир и защиту жизни на Земле. Исполненный печали из-за страданий и разрушений, которые принесла война, он много часов проводил в молитвах. Уэсиба достиг уровня духовного осознания, который был доступен очень немногим, но, несмотря на это, он продолжал свои поиски  силы, которую несёт истина. Не имея фактически никаких доходов, он жил  в крайней бедности, но продолжал тренировать тело и дух и обрабатывать землю.
1945 год. Япония капитулировала. Оккупационные власти запретили все виды боевых искусств (кроме каратэ). Организация Кобукай была распущена.
1948 год. Уэсиба и его последователи вновь объединились. До-дзё вместо “Кобукан до-дзё” было названо по имени Основателя Айки-до “Айкикай” и его возглавил сын Основателя Киссёмару Уэсиба. Опять возобновилась его активная работа, и учение Айки-до стало быстро распространяться среди населения. Уэсиба, которого теперь уважительно называли О-Сэнсэй (Великий Учитель), продолжал жить в Иваме. Руководя жизнью до-дзё и занимаясь земледелием и продолжая в то же время постоянно тренироваться и молиться за мир во всем мире. Время от времени он по приглашению своих учеников приезжал в Токио, где читал лекции о принципах Айки-до и обучал его техникам.
А вскоре был снят запрет на бу-до.